山羊MPO和IDO1基因变异分析

【摘要】本研究旨在研究山羊IDO1和MPO基因受到正选择的单核苷酸多态性位点(SingleNucleotidePolymorphism,SNP)。在研究中,我们通过测定脱氧核糖核酸序列的方法得到了106只山羊中IDO1基因的多态性,最终在IDO1序列的外显子2-3和外显子10区域中共得到了5个突变位点。随后对IDO1基因外显子2-3(G290A；T309C)和外显子10(G290A;T309C)的进行基因分型,并通过聚合酶链式反应(PolymeraseChainReaction,PCR)检测多态性位点。我们在MPO基因的外显子3-4中发现了一些突变,但是并未导致氨基酸变化。由于密码子的简并性,这些突变并未改变编码蛋白的氨基酸序列,最终成为对机体没有影响的沉默突变。系统发生分析表明,山羊IDO1和MPO基因与绵羊具有最高的相似性,高达98%和99%,与此同时山羊MPO基因与斑马鱼和小鼠仅有72%和83%的相似性。通过似然比检验,在使用朴素贝叶斯方法(NaiveEmpiricalBayes,NEB)分析正选择M8位点时候发现,IDO1和MPO表现出了较为丰富的参数信息。结果显示IDO1基因中有10个位点受到正选择(IDO1的LRTs分别为3.184和18.858,MPO为33.124)。这些位点包括350R、371N、398L、400T、302E、435T、231K、213I、210Y、18T(P>0.95);MPO有五个位点51E、652E(P>0.95)、325S、742S、765G(P>0.99)。由于只有大约15%的褪黑素是通过这条通路被分解的并且在这个通路中的相同位点上,这两个基因承担的任务相同。因此,我们推测IDO1和MPO基因在进化过程中受到正选择驱动。
【作者】阿达马（AdamaMara）；
【导师】姜勋平；
【作者基本信息】华中农业大学，动物遗传育种与繁殖，2014，硕士
【关键词】Indoleamine1；Myeloperoxydase；SNP；Variationgenetic；PositiveSelection；

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